El Archivo General de Indias, situado en Sevilla, fundamentalmente custodia los fondos producidos por las instituciones creadas por la Administración española para el gobierno y administración de los territorios ultramarinos españoles. Estas instituciones son: Consejo de Indias y Secretarías de Despacho, Casa de la Contratación y Consulados de Sevilla y Cádiz. Asimismo, se conservan otros fondos de instituciones de menor entidad e incluso de particulares relacionados con las colonias españolas en América y Asia.
La finalidad de este Archivo es la conservación de estos fondos y, mediante su organización y descripción, favorecer su difusión para todos los ciudadanos. En 1785 nacía por deseo del rey Carlos III el Archivo General de Indias con el objeto de reunir en un solo lugar los documentos referentes a Indias hasta entonces dispersos en Simancas, Cádiz y Sevilla. El impulsor del proyecto fue don José de Gálvez, secretario de Indias, y el ejecutor del mismo fue el académico e historiador don Juan Bautista Muñoz, cosmógrafo mayor de Indias. El espléndido edificio, la Casa Lonja de Sevilla, que se construyó en época de Felipe II sobre planos de Juan de Herrera sirve hasta hoy como sede del Archivo.
Desde 1785, y en distintas remesas, se van incorporando los fondos de las principales instituciones indianas: el Consejo de Indias, la Casa de la Contratación, los consulados, las secretarías de Estado y de Despacho hasta convertir el Archivo en el principal depósito documental para el estudio de la Administración española en el Nuevo Mundo, o, como se ha dicho hasta hacer de ello un tópico, hasta convertir el Archivo General de Indias en «la meca del americanismo».
Hoy el Archivo General de Indias conserva más de cuarenta y tres mil legajos, instalados en ocho kilómetros lineales de estanterías, con unos ochenta millones de páginas de documentos originales que permiten a diario profundizar en más de tres siglos de historia de todo un continente, desde Tierra de Fuego hasta el sur de Estados Unidos, además del Extremo Oriente español, las Filipinas: la historia política y la historia social, la historia económica y la de las mentalidades, la historia de la Iglesia y la historia del arte…
Los más variados temas ocupan el interés de los miles de investigadores que pasan por el Archivo: desde el descubrimiento, exploración y conquista del Nuevo Mundo hasta la independencia; desde las instituciones políticas indianas hasta la historia de los pueblos precolombinos; desde el intercambio comercial a los problemas de tráfico marítimo; desde la expansión misionera hasta los aspectos inquisitoriales. Tantos y tantos temas en los que el Archivo General de Indias va contribuyendo a lo largo del tiempo para obtener la más completa y documentada visión histórica de la Administración española del Nuevo Mundo.
El edificio que hoy alberga el Archivo fue construido para alojar el cada vez mayor número de comerciantes que, reunidos en torno a la Universidad de Mercaderes primero y tras 1546 constituidos como consulado, necesitaban un espacio propio para celebrar sus tratos y resolver sus pleitos. El conflicto generado entre el cabildo de la catedral y los mercaderes por la ocupación de los espacios sagrados de la catedral para menesteres tan poco piadosos como los que guiaban a los comerciantes dio el definitivo empuje para que en 1583 comenzaran las obras de construcción de la Lonja de Mercaderes.
El arquitecto real, Juan de Herrera, fue el encargado del diseño de un edificio cuya construcción se prolongó hasta 1646. A cargo de las obras estuvieron varios prestigiosos arquitectos como Juan de Minjares, Alonso de Vandelvira y Miguel de Zumárraga quienes, sobre todo este último, alteraron algunas de las ideas del proyecto original al introducir elementos innovadores en su construcción, como el abovedamiento de la planta superior, para aligerar la habitual solución herreriana de techo a dos aguas, más pesada y que presentaba un mayor riesgo de incendio.
La segunda mitad del siglo XVII trajo consigo la decadencia política y comercial del imperio español que, inevitablemente, debía causar contraste con la reciente finalización de las obras de la lonja. En 1717 la sede del comercio ultramarino se traslada a Cádiz, quedando en Sevilla únicamente una Diputación de Comercio. La infrautilización del edificio fue tan manifiesta que llegaron a habilitarse viviendas particulares en su interior mientras que la institución que promovió su construcción periclitaba.
La elección en 1781 de la Lonja de Mercaderes de Sevilla como sede del gran proyecto ilustrado que iba a ser el Archivo General de Indias detuvo la degradación del edificio. Una vez desalojados los inquilinos y dividido el espacio entre la Diputación de Comercio y el emplazamiento del archivo y sus dependencias, Luca Cintora, arquitecto de los Reales Alcázares, acometió una audaz obra de readaptación del edificio para servir a los fines de depósito documental. Su discutida intervención procuró por un lado recuperar en la medida de lo posible el proyecto de Juan de Herrera, devolviendo la diafanidad a las galerías y por otro lado reformar la escalera de acceso confiriéndole con un generoso revestimiento de mármol la actual suntuosidad.
En planta cuadrada, de 56 metros de lado, con dos alturas sobre lonja rodeada de columnas con cadenas, el edificio del Archivo consiste fundamentalmente en un patio central rodeado por dos naves cuadrangulares, una interior y otra exterior. Todo el edificio es de piedra, con dos plantas abovedadas comunicadas por la escalera monumental.
El Ministerio de Cultura acometió obras de remodelación en el edificio con el propósito de modernizar sus instalaciones, mejorar el depósito de los documentos y adecuar las galerías exteriores de la planta superior para la instalación de exposiciones temporales, en lo que constituye un itinerario para visitas que recorre todo el edificio.
El espacio para la investigación y la gestión del Archivo General de Indias queda actualmente fuera de este emplazamiento, pero justo a su costado. El edificio conocido como la «Cilla» ha sido remodelado para garantizar la compatibilidad de las funciones administrativas y de investigación con el desarrollo de las visitas y las exposiciones en la lonja. Dicho edificio se apoya en el paño de muralla que del Alcázar parte hacia la Torre del Oro. De planta rectangular, la baja sobre pilares y la primera sobre columnas, con bóvedas baídas.
La construcción cuenta también con dos niveles añadidos, uno bajo la cubierta, y un sótano. Diversas han sido las funcionalidades que ha tenido este emplazamiento, desde su adscripción al cabildo, su utilización desde 1972 por el Ayuntamiento de Sevilla como sede del Museo de Arte Contemporáneo de Sevilla y, en la actualidad, sede del Archivo General de Indias.